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　　MEGA進(jìn)化樹是一款免費(fèi)的分子進(jìn)化遺傳分析軟件，它可以用于生物信息學(xué)實(shí)驗(yàn)分析進(jìn)化樹圖使用，還可以用于分析來自物種和種群的DNA和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)，可用于序列比對(duì)、進(jìn)化樹推斷、估計(jì)分子進(jìn)化速度、驗(yàn)證進(jìn)化假說等，軟件輸入數(shù)據(jù)的格式比較簡(jiǎn)單，在眾多遺傳學(xué)分析軟件中是比較容易制作的一種，非常適合生物學(xué)家和科研人員輕松的進(jìn)行進(jìn)化分析和分子鑒定，喜歡的趕快來試試吧！

【功能特點(diǎn)】

　　1、【序列分析】

　　系統(tǒng)發(fā)育推論

　　型號(hào)選擇

　　約會(huì)和時(shí)鐘

　　祖?zhèn)鲊?guó)家

　　選擇和測(cè)試

　　序列比對(duì)

　　2、【統(tǒng)計(jì)方法】

　　最大似然

　　距離方法

　　普通最小二乘

　　最大的簡(jiǎn)約

　　復(fù)合似然

　　貝葉斯

　　3、【強(qiáng)大的視覺工具】

　　對(duì)齊/跟蹤編輯器

　　樹探索者

　　數(shù)據(jù)探索者

　　傳奇發(fā)電機(jī)

　　基因復(fù)制向?qū)?/p>

　　時(shí)間樹向?qū)?/p>

【使用教程】

　　1、首先根據(jù)提示安裝好軟件之后，準(zhǔn)備需要建樹的序列，并將序列保存為fasta格式。

　　2、打開MEGA7，點(diǎn)擊Align--Edit/built Alignment，選擇Create a new alignment，點(diǎn)擊ok。

　　3、打開剛剛保存下來的fasta序列。

　　4、點(diǎn)擊Alignment –Align by ClustalW ，選擇所有序列，出現(xiàn)下圖，參數(shù)根據(jù)需求修改，在這我們就直接選擇默認(rèn)，點(diǎn)擊ok。

　　5、比對(duì)完成后，點(diǎn)擊Data –Phylogenetic Analysis，出現(xiàn)下圖坐標(biāo)箭頭指向的兩個(gè)按鈕。

　　6、點(diǎn)擊Phylogeny，有5個(gè)構(gòu)建進(jìn)化樹的方法，一般選擇MaximumLikehood（最大似然法）、Neighbor-Joining（鄰接法）和Minimum-Evolution（最小進(jìn)化法）方法，在此選擇選擇Neighbor-Joining（鄰接法）建樹。

　　7、在Test of Phylogeny 選擇Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 輸入2000; Mode/Method 核酸選擇Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列選擇Poisson model; Rates among sites 選擇Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 選擇Compeledeletion, 點(diǎn)擊Compute得到下面結(jié)果，根據(jù)自己的需求對(duì)樹進(jìn)行修飾。