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　　ImageJ是一款使用JAVA語言寫成的科學用圖像處理軟件，可以顯示、編輯、分析、處理8位/16位/32位圖像，支持多種圖像格式，支持用戶自定義插件和宏，大大擴展了軟件功能。可運行于Microsoft Windows，Mac OS、Mac OS X、Linux和Sharp Zaurus PDA等多種平臺。

　　ImageJ 支持圖像棧功能，即在一個窗口里以多線程的形式層疊多個圖像， 并行處理。只要內存允許，就能打開任意多的圖像進行處理。除了基本的圖像操作， 比如縮放、旋轉、 扭曲、平滑處理外，還能進行圖片的區域和像素統計、 間距角度計算、創建柱狀圖和剖面圖，進行傅里葉變換。

【功能特點】

　　無處不在：ImageJ是用Java編寫的，它允許在32位和64位模式下運行在Linux、Mac OS X和Windows上。

　　開放源代碼：ImageJ及其Java源代碼在公共領域中是免費的。無需許可證。

　　用戶社區：IMAGEJ擁有一個龐大且知識淵博的全球用戶社區。超過1700名用戶和開發人員訂閱了IMAGEJ郵件列表。

　　宏：使用宏自動執行任務并創建自定義工具。使用命令記錄器生成宏代碼，并使用宏調試器進行調試。IMAGEJ網站上有300多個宏可用。

　　插件：通過使用Image J的內置文本編輯器和Java編譯器開發插件來擴展Image J。有500多個插件可用。

　　工具箱：使用ImageJ作為圖像處理工具包（類庫）來開發小程序、servlet或應用程序。

　　速度：Image J是世界上最快的純Java圖像處理程序。它可以在0.1秒內過濾2048x2048圖像（*）。這是每秒4000萬像素！

　　數據類型：8位灰度或索引顏色、16位無符號整數、32位浮點和RGB顏色。

　　文件格式：打開并將所有支持的數據類型保存為TIFF（未壓縮）或原始數據。打開并保存gif、jpeg、bmp、png、pgm、fits和ascii。打開DICOM。使用URL打開TIFF、GIF、JPEGS、DICOM和原始數據。使用插件打開并保存許多其他格式。

　　圖像顯示：提供了縮放（1:32到32:1）和滾動圖像的工具。所有的分析和處理功能都在任何放大系數下工作。

　　選擇：創建矩形、橢圓形或不規則區域選擇。創建線條和點選擇。編輯選擇并使用魔杖工具自動創建它們。繪制、填充、清除、過濾或測量選擇。保存所選內容并將其傳輸到其他圖像。

　　圖像增強：支持8位灰度和RGB彩色圖像的平滑、銳化、邊緣檢測、中值濾波和閾值處理。以交互方式調整8、16和32位圖像的亮度和對比度。

　　幾何運算：裁剪、縮放、調整大小和旋轉。垂直或水平翻轉。

　　分析：測量選擇或整個圖像的面積、平均值、標準偏差、最小值和最大值。測量長度和角度。使用真實世界的測量單位，如毫米。使用密度標準進行校準。生成柱狀圖和剖面圖。

　　編輯：剪切、復制或粘貼圖像或選定內容。使用AND、OR、XOR或“混合”模式粘貼。向圖像添加文本、箭頭、矩形、橢圓或多邊形。

　　顏色處理：將32位彩色圖像分割為RGB或HSV組件。將8位組件合并為彩色圖像。將RGB圖像轉換為8位索引顏色。將偽調色板應用于灰度圖像。

　　堆疊：在單個窗口中顯示相關圖像的“堆棧”。使用單個命令處理整個堆棧。以堆棧形式打開圖像文件夾。將堆棧保存為多圖像TIFF文件。

【灰度分析教程】

　　1、安裝好ImageJ軟件后，將你做的WB圖片進行掃描，得到掃描版圖片。

　　2、點擊軟件上方的 File-Open，將掃描圖片拉入進入軟件中。接著點擊軟件上方的Image-Type，將其改為 8-bit。

　　3、點擊Analyze，下拉點擊Set Measurement，點擊圖中所勾的四個選項，然后點擊ok確定。然后點擊Process-Substract Background，只勾圖中Light Background一個選項，點擊ok即可。

　　4、點擊Analyze-Set Scale，點擊它，彈出一個小框，把Unit Of Length 那個空白框內的英語改為pixels，點擊OK即可。

　　5、開始點擊File下方一些列不規則圓圈，選擇心型圓圈，點擊出現 Freehand Selections。然后點擊Edit-Invert，點擊即可。

　　6、最后一步，進行灰度統計。用鼠標選擇圖中亮色區域，盡可能的把亮色區域全部圈起來。然后點擊 Anlyze-Measurement，即可彈出你選定區域的灰度統計值。

【怎么去除背景】

　　在ImageJ中去除特定區域通常是采用蒙版設置來實現的：

　　首先點擊 File-Open 按鈕，打開需要處理的圖片，

　　再選擇 Image-Type 修改圖片類型為可編輯狀態，例如 8 bit 就是常用的格式。

　　復制圖像或者STACK，根據背景的特點選擇相應的處理方式，

　　（1）Threshold圖像：點擊 Image-Adjust-Threshold 選項，移動標尺（右側輸入數值也可），將需要編輯的目標區域都標記為紅色，并點擊 Apply 使之變為白背景。

　　（2）圖像平滑：可以利用 Process 中的 smooth 功能，依次點擊Process → Binary → Dilate 可以微微擴大黑色區域，從而產生更好的蒙版。

　　最后點擊 Process 選擇 Image Calculator 減去蒙版圖像，就可以得到處理完成的圖像。

【怎么加標尺】

　　首先點擊 File-Open 按鈕，打開圖片。

　　然后點擊 Analyze-Set Scale 設置相關參數。

　　原圖片實際像素及大小用Photoshop中看出。像素為1360×1024，大小為23.99×18.06 cm。由于對拍攝實物進行了640倍放大，計算出1360像素對應拍攝實物的長度為（23.99×10000/640μm），然后計算一個像素對應長度。

　　設置參數，設置參數為3.60像素對應1.00微米，然后點上Global，有效數字與上圖相同，點OK。具體數據仔細計算后得到，這里只是簡單說明。

　　然后依次點擊 Analyze-Tools-Scale Bar... 按鈕設置標尺格式。

　　設定相關參數后，就可以隨心設定標尺長度、顏色、字體大小、位置等，點OK確定。

　　然后點擊 File-Save As 另存為想要的格式（一般存為Jpeg或Tiff即可）就可。